早期生涯（1991年－1997年）
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因扎吉在其家鄉球會皮亞琴察开始其職業生涯，早年曾效力一系列乙、丙組球會，包括莱菲和維羅納。在这之后，他进入了意甲的帕爾馬，但没有获得太多的机会。1996-97賽季他加盟了亚特兰大[2]。在亚特兰大队效力期间，因扎吉成为了意甲的最佳射手[3]，并獲得最佳新人奖[4]，引起了尤文图斯等豪门的注意。
尤文图斯（1997年－2001年）
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1997年，因扎吉轉會意甲強隊尤文图斯[2]，與施丹及迪比亞路組成攻擊鐵三角，其中恩沙基與迪比亞路的雙前鋒組合，更被譽為當時歐洲最令人聞風喪膽的前鋒組合。
在1997年意大利超级杯的比赛中，因扎吉打入两球帮助尤文图斯以3比0战胜维琴察，贏得他在尤文图斯的第一个奖杯[5]。1997-98赛季意甲联赛中，尤文图斯在因扎吉等球员的出色发挥下，夺得了冠軍[6]。尤文图斯同時闖入1997-98赛季冠军联赛的決賽，僅敗給西班牙超級球會皇家馬德里[7]。
1998-99赛季，尤文图斯表现不佳，只好通过托托杯来赢取欧洲联盟杯的资格[8]。在托托杯上，因扎吉表现出色，打入7球，帮助尤文图斯获得联盟杯的参赛资格[9]。
在尤文图斯，因扎吉與球隊中金童皮耶罗和球王級巨星齐达内組成攻擊鐵三角，在意甲聯賽呼風喚雨。然而表現出色的因扎吉卻始終無法得到尤文图斯高層的賞識，其後又重傷復出的皮耶罗产生矛盾[10][11][12][13]，甚至還遭到新来的特雷泽盖的排擠[14]。
AC米兰（2001年－2012年）
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2001年的夏天，因扎吉轉投意甲豪門AC米蘭[15]，成为舍甫琴科的锋线搭档。在第一个赛季裡，因扎吉尽管经历过一次重伤[16]，休息了4个月[17]，但仍然打入了16个球[2]。
2002-03赛季是因扎吉在AC米兰表现最为出色的一个赛季。在这个赛季里，因扎吉不仅打入了自己职业生涯的第200个进球[18]，还帮助AC米兰赢得了欧洲冠军联赛的冠军和意大利杯。在意甲联赛里，因扎吉打入17球[2]。在欧洲冠军联赛里，因扎吉一共为AC米兰打入了12个球（包括资格赛的两个入球）[19][20]。在欧冠决赛中，AC米兰通过互罚点球以3比2战胜尤文图斯，贏得冠军联赛的冠军[21]。在意大利杯决赛第二回合中，因扎吉打进一球，帮助AC米兰夺得冠军[22]。同年，AC米兰在摩纳哥的路易二世球场以1比0战胜了波尔图，赢得了欧洲超级杯[23]。
在2003-04赛季里，AC米蘭贏得意甲聯賽冠軍和意大利超级杯[24][25]。在这个赛季里由于重伤病導致状态不佳[26]，因扎吉的主力位置受到了托马森的挑战[27]。到了赛季结束，因扎吉只为AC米兰打入了7个球[2]。
2004-05赛季是因扎吉职业生涯的低谷。由于伤病等原因[28][29]，因扎吉出场次数不多，只为AC米兰打入了1个球[2]。尽管这样，AC米兰还是给了伤病中的因扎吉一份到2009年的合约[30]。在2004-05赛季欧冠决赛中，因扎吉甚至沒有被登錄，只能眼睜睜看著AC米兰在以3比0领先的大好局面下被利物浦扳平，在互罚点球中以2比3失利[31]。
在2005-06赛季里，因扎吉摆脱了伤病的困扰[32]，恢复了良好的状态。2005年10月16日，在卡利亚里和AC米兰的比赛中，因扎吉替补登场[33]。这是他因为伤病缺席5个月后的首次出场[34]。2005年10月23日，在因扎吉参加的第二场联赛的比赛里，他就打入了制胜一球，帮助AC米兰以2比1战胜巴勒莫[35]。2006年2月12日，在AC米兰和雷吉纳的意甲比赛里，因扎吉上演帽子戏法，帮助AC米兰以4比1战胜对手[36]。在这个赛季里，因扎吉重整旗鼓，一扫前两个赛季的低迷，为AC米兰打入了17个球[2]，其中在联赛里打入12个[37]。凭借在AC米兰的出色发挥，因扎吉入选了意大利国家队参加2006年世界杯的名单[38]。
菲利普·恩沙基（2003年）
在2006-07赛季里，因扎吉因傷病困擾尽管只在联赛里打入2球[39]，但在欧洲冠军联赛里，他依然表现出色。特别是在2006-07赛季欧冠決賽中，因扎吉一人独中兩球，帮助AC米兰以2比1擊敗利物浦，協助AC米蘭第七次奪得冠軍[40]，替AC米兰报了两年前落败之仇。2007年8月31日，在摩納哥路易二世球場舉行的歐洲超級杯賽上，因扎吉於下半時10分鐘時頂入一粒頭球扳平比分，隨後AC米蘭以3比1逆轉塞維利亞，第5次奪得歐洲超級杯[41]。他也成為歷史上第一個完成了在冠军联赛、聯盟杯、優勝者杯、托托杯和超級杯這5項歐洲俱樂部級別的所有賽事中都有入球的大滿貫之人[42]。
在2007-08赛季里，因扎吉的表现引人注目。2007年12月5日，在歐洲冠軍聯賽的小組賽中，AC米兰主场以1比0小胜凯尔特人，因扎吉下半时攻入唯一进球[43]，以63球打破了穆勒保持的欧战入球纪录[44]。在日本举行的2007年世界俱乐部杯决赛中，因扎吉打入2球，帮助AC米兰以4比2完胜博卡青年夺冠[45]，报了4年前丰田杯落败之仇[46]。在意甲賽場上，年近35歲的因扎吉由于伤病等原因，比赛并不多[47][48]。尽管如此，2008年的夏天，因扎吉仍然在联赛的第32轮到第36轮的五场比赛中上演了场场入球一共打入9球的好戏[49]。最后在联赛结束的时候因扎吉一共打入了11个球，其中最后7轮打入了10个球[48]，但还是没能入选了意大利队参加2008年欧洲杯的名单[50]。
在2008-09赛季里，因扎吉继续延续自己的良好状态。2009年3月8日，因扎吉在意甲联赛第27轮对亚特兰大的比赛中上演其职业生涯的第17次帽子戏法[51]，帮助AC米兰以3比0战胜对手[52]。2009年3月15日，因扎吉在意甲联赛第28轮对锡耶纳的比赛中打入两球，这是他职业生涯第300个入球[53]。值得一提的是，1992年12月20日，在莱菲队与锡耶纳的丙一级联赛里，19岁的因扎吉替补出战实现破門，这是因扎吉职业生涯的第一个入球[54]。2009年4月19日，在AC米兰和杜里諾的比赛里，因扎吉再次上演帽子戏法，帮助AC米兰以5比1战胜对手[55]。
在2009-10赛季里，36岁的因扎吉因年齡的關係在和AC米兰的其他两位中锋博列洛和亨特拉尔的竞争中处于下风，在这个赛季里主要作为替补。联赛出场24次,其中首发4次，替补20次，出场时间只有736分钟，仅打进2球[56]。在2009年9月15日AC米兰和马赛的欧冠比赛里，因扎吉打进了2球，帮助AC米兰以2比1战胜了马赛队[57]。这是他在这个赛季的欧冠比赛中仅有的两个进球。
在2010-11赛季里，博列洛和亨特拉尔离开了AC米兰，与此同时AC米兰只引进了一个中锋伊布拉莫维奇，因扎吉的重要性和出场时间有所增加。在2010年11月3日AC米兰与皇家马德里的欧冠比赛中，因扎吉替补罗纳尔迪尼奥出场，打进两球，帮助AC米兰以2比1反超比分，而在比赛的最后一刻，皇家马德里的替补球员佩德罗·莱昂打进一球，最终的比分为2比2[58]。凭借着这两个进球，因扎吉的欧战进球达到70个，超越了劳尔和穆勒，成为在欧战中进球最多的球员[59]。同时，他以37岁85天的年龄打破了国际米兰的萨内蒂在2010年10月20日创造的37岁71天的欧冠进球年龄纪录[60]，成为了冠军联赛中进球的年龄最大的球员。
2011-2012赛季，因扎吉在AC米兰出场机会寥寥。2012年5月12日，因扎吉发表公开信，宣布将于赛季后结束在AC米兰的生涯。
2012年5月13日，在2011-2012赛季意甲联赛的最后一轮（38轮）对阵诺瓦拉的比赛中，因扎吉于第67分钟替换卡萨诺登场，第300次、也是最后一次代表AC米兰在正式比赛中出场。第82分钟，因扎吉接到西多夫的过顶传球，反越位胸部停球，在禁区右侧距门7米处右脚小角度凌空勾射入近角，为AC米兰将比分反超为2:1，此进球是因扎吉在AC米兰也是其职业生涯中完成的最后一个正式比赛进球。[61]
2012年7月中旬AC米兰俱乐部宣布因扎吉正式退役并担任俱乐部17岁以下青年队的教练员。