血栓的机化与再通为两种不同现象，血栓机化主要指血管壁向血栓长入内皮细胞和纤维母细胞形成肉芽组织的过程，当血栓机化开始时，富有毛细血管的带有肌纤维母细胞和组织细胞的肉芽组织进入血栓中，并进行吞噬和溶解，使血栓阻塞的血管获得再通。
血栓机化是血栓被肉芽组织替代，变成纤维组织的过程。血栓通常在形成后会从血管壁向血栓长入内皮细胞和纤维母细胞，然后形成肉芽组织，而血小板的血小板生长因子可能起促进肉芽组织生长的作用，肉芽组织逐渐深入血栓，并取代血栓而发生机化反应。
血栓机化的最早过程大约在血栓形成后的1-2天，比较大的血栓在2周左右也可以完成机化，机化后的血栓和血管壁紧密粘连，不容易脱落。
血栓再通是因血栓逐渐干燥、收缩，其内部或与血管壁间出现裂隙，新生的内皮细胞长入并被覆表面，形成迷路状通道，血栓上下游的血流得以部分恢复，这种现象称血栓为再通。
对于出现血栓的人群，一般血栓再通并不是在血栓后立即发生，通常要过一段时间，这时缺血组织已经坏死、损伤，相关功能并不一定会恢复，因此建议在出现血栓后立即就诊治疗。